在留期間の更新等 個人番号カードの券面記載事項の変更が必要です

個人番号カード, 在留期間の更新許可等により在留できる満了日が変更された場合、その情報はマイナンバーカードには自動的に反映されません。 総務省
マイナンバーカードをお持ちの外国人住民のみなさまへ(PDF)
To Foreign Residents Holding Individual Number Cards (PDF)

 在留期間の更新許可等により在留することができる期限が変更された場合、その情報は個人番号カードには自動的には反映されないので、市町村役場の窓口で延長の手続をする必要がある。
 こういうペーパーが回っているくらいだから、個人番号カードを失効させてしまう事例が多いのかな。